Los muestreos son diseñados por el Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación acorde a la Decisión 2020/1729/UE y llevados a cabo por cada Comunidad Autónoma.
Las muestras a analizar son el contenido cecal tomado en matadero en el momento del sacrificio de cada unidad epidemiológica (excepto Salmonella aves para lo que se utilizan las cepas de los PNCS), analizándose al menos 300 muestras/año de cada población animal.
La unidad epidemiológica es la manada en aves o lote de sacrificio en bovino/porcino.