Como elemento principal de la etapa destaca el nacimiento del río Nervión. Forma una de las cascadas más altas de Europa, con una caída de unos 300 m de altura, y un impactante cañón fluvial, resultado de la erosión diferencial provocada por dicho río, conformando un paisaje de origen geomorfológico de extraordinaria belleza.
No menos interesante resulta la transición, patente a lo largo de la etapa, entre dos regiones biogeográficas, la eurosiberiana (o atlántica) y la mediterránea. El inicio de la etapa se corresponde con la región eurosiberiana, de temperaturas suaves y sin sequía estival, caracterizado por la presencia de bosques mixtos caducifolios de hayas y robles, que se ven sustituidos por prados y plantaciones de coníferas en aquellas zonas más accesibles. Por el contrario, en los últimos kilómetros de la etapa se pueden identificar elementos característicos de ambientes mediterráneos, con temperaturas más extremas y sequía estival, como son los bosques de quejigos, encinares y los cultivos cerealistas. Esta variabilidad aporta una enorme riqueza paisajística y ecológica al recorrido.
Esta etapa se localiza entre las provincias de Araba y Burgos, discurriendo en la práctica totalidad de su recorrido por espacios naturales protegidos pertenecientes a ambas provincias (Monumento Natural, LIC, ZEPA; descritos en la información adicional), y que constituyen un conjunto en torno al nacimiento del río Nervión.
La etapa parte de Izarra por una calleja que se dirige hacia el Noroeste y, salvando una portilla, comienza una ascensión de casi dos kilómetros de longitud y 200 m de desnivel. El Camino va atravesando el bosque mixto de hayas (Fagus sylvatica) y robles (Quercus sp.) de Larrandoanda, que cuenta con un rico cortejo florístico de enebros (Juniperus sp.), endrinos (Prunus spinosa), espinos (Crataegus monogyna), etc, que ofrecen una amplia gama de texturas y colores. Se puede decir que ésta es la única subida de una etapa que resulta prácticamente llana, con una suave bajada en el tercio final de la misma.
Tras la ascensión, se sale de la masa arbolada alcanzando un llano de pastos salpicados de espinos, acebos (Ilex aquifolium) y endrinos en el Alto del Corral, comenzando paulatinamente a dar vistas hacia el valle del río Nervión. Pronto se corta con una pista de grava y tierra que habrá que tomar hacia la izquierda y, tras aproximadamente un kilómetro de recorrido entre prados y pastos, se deberá tomar el primer desvío a la derecha, una pista de tierra que nos lleva enseguida a unas instalaciones ganaderas.
En este punto la senda abandona la pista por un camino de roderas que sale hacia la izquierda junto a un cierre ganadero. Prosigue por una zona de pastizal, parcialmente tapizada de brezos y otras matas, donde también se encuentran algunos bosquetes de haya, hasta llegar a la cabecera del cañón del nacimiento del Nervión. Esta zona constituye un área de notable importancia para el ganado, pues supone una amplia extensión de pastos de montaña, donde un gran número de cabezas de ganado se alimentan durante el verano y otoño.
Es preciso mantener la atención en la señalización en este último tramo de la senda ya que existen numerosos senderos y caminos de tierra que pueden confundir al excursionista.
Continuando por la senda y una vez dejado atrás el cañón, se salva una pequeña vaguada —siempre por la pista—, por la que fluye el primer tramo del río Nervión, el cual, se precipita poco después en una cascada de unos 300 m de altura por el cañón del mismo nombre. En este punto la senda abandona la provincia de Araba y continúa por tierras burgalesas, atravesando el Monumento Natural del Monte Santiago, aunque sin perder de vista el territorio alavés, al cual se da vistas desde diferentes puntos del recorrido, concretamente hacia el valle de Delica, por el que discurre el río Nervión en sus primeros compases.
Inmediatamente la senda corta una pista de grava, junto a un refugio, y se deberá tomar hacia la derecha; si bien resulta aconsejable desviarse momentáneamente hacia la izquierda por la pista algunas decenas de metros para visitar la Lobera del Monte Santiago, que se ha restaurado como elemento divulgativo y de conservación del patrimonio etnográfico. Existen algunas otras loberas en estado de ruina por la zona. Las loberas eran construidas por los antepasados para capturar los lobos que amenazaban sus rebaños. Constituyen evidencias de la ocupación ganadera de estos territorios en tiempos pretéritos. Esta lobera, presenta la particularidad de contar con dos fosos.
Retomando la senda, se continúa hacia la derecha por la pista de grava llegando tras unos 400 m al impresionante mirador del Nacimiento del Nervión, desde el que se puede observar el cañón del Nervión. Este cañón se formó por la erosión diferencial entre las calizas arcillosas y las margas del Coniaciense; el cañón se ensancha formando el valle de Orduña, donde se asienta el pueblo de Orduña, entre otros. En temporada de lluvia se puede contemplar, a la derecha del mirador, la impresionante cascada por la que el río Nervión se desploma hacia el cañón. Es muy habitual además, poder observar diferentes especies de aves sobrevolando los paredones rocosos del cañón, donde sitúan frecuentemente sus nidos y dormideros algunas especies rupícolas como el águila real (Aquila chrysaetos), buitre leonado (Gyps fulvus), halcón peregrino (Falco peregrinus), o chova piquirroja (Pyrrhocorax pyrrhocorax), entre otros.
Desde el mirador, la ruta continúa hacia el Noroeste bordeando el cañón del Nervión por el “sendero del cortado”. Tras unos 2,5 km y una ligera ascensión final, se llega al mirador del Monte Santiago o de “Esquina Rubén”, que ofrece amplias vistas al Valle de Orduña, perteneciente a la comarca de Arratia-Nervión.
Desde este segundo mirador la senda continúa por una pista de grava que, en dirección sur, se adentra en el hayedo de Santiago y, tras 1,5 km de ligero descenso, llega al aparcamiento y al área recreativa del Monte Santiago, punto de acceso principal. La Senda del Pastoreo continúa atravesando el aparcamiento, si bien, antes de proseguir, conviene salirse momentáneamente de la ruta, continuando unos cien metros más por la pista para visitar la Casa del Monumento, donde se podrán conocer los valores naturales y culturales que motivaron la designación del espacio como Monumento Natural. También se puede visitar junto a éste, las ruinas del “Monasterio de Santiago Langreriz” y la “Fuente Santiago”.
Retomando la senda, desde el aparcamiento se prosigue el Camino por un sendero forestal que atraviesa el Hayedo de Santiago. Se debe mantener la atención en las indicaciones para no desviarse, ya que el sendero no es muy patente bajo el dosel arbóreo, particularmente en zonas en las que afloran los lapiaces. Esta senda concluye en un pequeño aparcamiento situado junto a la carretera de acceso al Monumento Natural, debiendo continuar por ésta hacia la derecha durante unos 300 m. Después se debe tomar un camino que arranca hacia la izquierda y continúa por terreno ralo de pastos con brezos (Erica sp.), genistas (Genista sp.) y ejemplares de espino, endrino, encina (Quercus ilex), y particularmente de acebos perfilados por el diente del ganado, que componen una estampa singular.
El camino inicial, que comienza con una ligera subida, pronto desaparece y continúa descendiendo a lo largo de unos cinco kilómetros por un sendero de tierra que ofrece interesantes vistas hacia el valle de Villalba de Losa. En su descenso hacia Berberana atraviesa algunas matas de encinar y quejigar (Quercus faginea) como las de Malocalaña y el Carrascal. Esta zona también constituye un área importante para el ganado.
Atravesando el pueblo de Berberana hacia el norte, inmediatamente se cruza por unas pasaderas el cauce intermitente del río Omecillo. Continúa la senda por una pista de grava que, tras cruzar una carretera aglomerada, hay que abandonar de nuevo para volver a cruzar el mismo río, pasando muy próximo al núcleo de Murita. En este núcleo se debe tomar una pista agrícola hacia la izquierda, que atraviesa tierras de labor y nos conduce hasta un área de descanso; atravesando ésta, se debe girar a la izquierda por un camino que asciende hasta el final de la etapa, en el pueblo de Villalba de Losa, situado en un alto desde el que se tienen fabulosas vistas hacia el valle de Villalba de Losa. En este pueblo nació Juan de Garay, ilustre personaje fundador de ciudades como Buenos Aires.
Para los ciclistas resulta una etapa accesible aunque incómoda, por discurrir en su mayor parte por senderos o caminos de firme muy irregular que dificultan el tránsito, particularmente en el tramo del “Sendero del Cortado”, entre ambos miradores.
Los espacios naturales protegidos, LIC/ZEC Monte Santiago y ZEPA Monte Santiago, coincidentes en su delimitación física (2.536,96 ha) y el Monumento Natural Monte Santiago, parcialmente coincidente (2.411 ha), se encuentran situados en el extremo nororiental de Burgos, justo en su límite con el País Vasco, en una zona de transición entre la España atlántica y la España mediterránea.
El área del Monte de Santiago es un espacio con gran interés paisajístico, geológico, geomorfológico y florístico. Se trata de un complejo kárstico que conforma la caída de la meseta sobre el río Nervión, presentando numerosas cavidades así como una impresionante cascada, el Salto del Nervión, con más de 300 metros de altura. Son reseñables además la fuente y el sumidero del Monte Santiago.
La cobertura vegetal del área es muy variada y de notable riqueza específica, presentando formaciones de encinares y quejigares en las cotas medias y bajas, y hayedos sobre karst y repoblaciones de pinar en las cotas más altas. En este espacio se encuentra una de las doce "Áreas importantes para la herpetofauna española de Castilla y León (año 2002)".
La Zona Especial de Conservación y Lugar de Importancia Comunitaria Arkamo-Gibijo-Arrasta, presenta una superficie total de 11.538 ha. Se trata de un macizo montañoso de dirección Este-Oeste entre el valle del río Baias y Burgos, de orografía pronunciada y abrupta, interrumpida por la existencia de planicies kársticas en algunas zonas.
En cuanto a la fauna que se puede localizar en el macizo, destaca el tritón alpino (Mesotriton alpestris), el lirón careto (Eliomys quercinus), la marta (Martes martes), el gato montés (Felis silvestris), el ciervo europeo (Cervus elaphus), el corzo (Capreolus capreolus) y diversos quirópteros.
En lo que a avifauna se refiere, la zona Norte del LIC presenta cresteríos rocosos en los que diversas aves rupícolas y de montaña establecen sus zonas de cría. De hecho, las poblaciones de algunas aves —buitre leonado (Gyps fulvus), halcón peregrino (Falco peregrinus), águila real (Aquila chrysaetos), alimoche (Neophron percnopterus) y chova piquirroja (Pyrrhocorax pyrrhocorax)— figuran entre las más densas del País Vasco. Es por ello que esta zona se incluye bajo la figura de Zona de Especial Protección para las Aves, ZEPA Sierra Salvada, y del IBA (Área Importante para las Aves) 33 La Losa-Orduña (Sierra Sálvada).