Tanto las IGs, como las marcas comerciales confieren a sus propietarios derechos de propiedad intelectual y se usan para distinguir unos productos de otros en el mercado. Presentan algunas diferencias importantes:
Las IGs están protegidas como bienes de dominio público y las administraciones públicas son responsables de la competencia lean entre operadores. El Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación hace un seguimiento de las solicitudes de registro de marcas que se presentan ante la Oficina Española de Patentes y Marcas (OEPM), ante la Oficina de Propiedad Intelectual de la Unión Europea (EUIPO) y ante la Organización Mundial de la Propiedad Intelectual (OMPI), presentando las correspondientes "observaciones" cuando dichas solicitudes colisionan con la protección establecida para las IGs.
Conforme al Real Decreto 267/2017, de 17 de marzo, por el que se desarrolla la Ley 6/2015, de 12 de mayo, de Denominaciones de Origen e Indicaciones Geográficas Protegidas de ámbito territorial supraautonómico, se establece la obligatoriedad de que los operadores que quieran comercializar un producto amparado por una IG, cuya zona geográfica afecte a más de una comunidad autónoma, bajo una marca comercial usada también para productos de otras IGs o producotos sin IG, deben presentar a través las etiquetas y diseños al Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación, para comprobar los elementos diferenciadores y emitir el correspondiente informe.