Al incluir un gran porcentaje de la superficie comunitaria, la Red Natura 2000 ha generado mucho interés, pero también inquietud entre agricultores y silvicultores.
Esto es lógico, ya que aparte de las zonas acuáticas (de agua marina o dulce) y las zonas rocosas de alta montaña, la mayoría de los hábitats de la Red Natura 2000 están en zonas agrarias o silvícolas. Estas zonas son, a veces, seminaturales, creadas y mantenidas por la actividad humana. En muchos casos desaparecerían si las labores agrícolas o ganaderas cesaran.
Contrariamente a lo que se cree en las áreas rurales, la idea de la Red Natura 2000 no es construir reservas naturales o congelar la actividad productiva de los lugares que la constituyen.
Aparte de algunas excepciones (bosques naturales intocados o cuevas subterráneas) los lugares Natura 2000 han de ser gestionados hacia actividades productivas. Sin producción de grano la Avutarda (Otis tarda) desaparecería de la España Central, sin praderas húmedas el Guión de codornices (Crex crex) desaparecería del Loira, sin pastos garantizados en los bosques del sur de Suecia desaparecería el escarabajo eremita (Osmoderma eremita)
Extraido de "Natura 2000 et Agriculture". Bertrand Delpeuch (D.G. XI de la Comisión Europea).
Así pues, el objetivo es evitar el deterioro de estos habitats o recuperarlos si están degradados, pero no frenar proyectos productivos, siempre y cuando estos esten regidos por el respeto a la zona considerada.