La programación de desarrollo rural en España en el periodo de programación 2000-2006 se aplica en base a los Reglamentos del Consejo 1257/1999, de 17 de mayo de 1999, sobre la ayuda al desarrollo rural a cargo del Fondo Europeo de Orientación y de Garantía Agrícola (FEOGA) y 1260/1999, de 21 junio de 1999, por el que se establecen disposiciones generales sobre los Fondos Estructurales.
Para comprender la estructura de la programación aplicada es necesario tener en cuenta diversos artículos de los citados Reglamentos, especialmente el artículo 35 del Reglamento 1257/1999, en el cual se determina cuál es la procedencia de la financiación de FEOGA de las medidas de desarrollo rural. En este artículo se establece que las ayudas comunitarias al cese anticipado de la actividad agraria, las zonas desfavorecidas y las zonas con restricciones medioambientales, las medidas agroambientales y la forestación de tierras agrarias serán financiadas en toda la Comunidad por la sección Garantía del FEOGA. La ayuda comunitaria para las otras medidas de desarrollo rural será financiada por la Sección de Orientación del FEOGA en las regiones objetivo nº 1, y la Sección de Garantía del mismo Fondo en las zonas no comprendidas en dicho objetivo.
Por lo que respecta a la programación, el artículo 40 y 41 del mismo Reglamento, 1257/1999 establecen que las medidas de desarrollo rural financiadas por la sección de Orientación del FEOGA formarán parte de la programación de las regiones del objetivo nº 1 de conformidad con el Reglamento (CE) nº 1260/1999. Las medidas de desarrollo rural que no sean las indicadas en el apartado 1 del artículo 35 podrán formar parte de la programación de las regiones del objetivo nº 2 de conformidad con el Reglamento (CE) nº 1260/1999. Las demás medidas de desarrollo rural que no sean parte de la programación prevista en las especificaciones anteriores se integrarán en la programación específica de desarrollo rural.
A partir de lo anterior, en España se optó por realizar una programación con criterios horizontales y regionales de manera conjunta y simultánea. Las medidas incluidas en los programas horizontales se considera que responden a problemas comunes para todo el territorio nacional, que son esenciales para el desarrollo sostenible de la agricultura y el desarrollo rural y que deben ser aplicadas de un mismo modo en todas las comunidades autónomas con el objeto de asegurar una igualdad territorial.
El primero de los programas horizontales aplicados en España es el Programa de Medidas de Acompañamiento (Medidas Agroambientales, Indemnización Compensatoria, Jubilación Anticipada y Forestación de Tierras), que se financian tanto en Objetivo nº 1 como en Fuera de Objetivo nº 1 por FEOGA-Garantía, aunque lógicamente con distinta tasa de cofinanciación. Las medidas abordan algunas de las más importantes debilidades de la agricultura española y apoyan los cambios que son esenciales para asegurar el desarrollo sostenible del sector agrario, tomando en cuenta al agricultor, a los consumidores y al medio ambiente.
A estas medidas se unen como prioritarias en el ámbito nacional las de Inversiones en Explotaciones Agrarias, Instalación de Jóvenes Agricultores y Gestión de Recursos Hídricos. Dado que estas medidas son financiadas por FEOGA-Orientación en regiones Objetivo nº 1 y por FEOGA-Garantía en regiones Fuera de Objetivo nº 1, su aplicación se realiza con dos programas distintos, denominados Programas de Mejoras de las Estructuras, uno para cada una de las dos zonas.
Además de estos programas horizontales, en cada Comunidad Autónoma se aplica un programa específico en el que se incluyen el resto de medidas del Reglamento (CE) 1257/1999 en función de las necesidades y particularidades de cada una de ellas.
Las regiones españolas de Objetivo nº 1 son: Andalucía, Asturias, Canarias, Cantabria, Castilla y León., Castilla La Mancha, Comunidad Valenciana, Extremadura, Galicia y Murcia.
Las regiones españolas en zonas no comprendidas en Objetivo nº 1 son: Aragón, Baleares, Cataluña, La Rioja, Madrid, Navarra y País Vasco.
Así, en el periodo de programación 2000-2006 se aplican en las regiones de Objetivo 1 un total de 10 Programas Operativos (siendo el de Cantabria de transición desde Zona de Objetivo 1 a Zona Fuera de Objetivo 1, que incluye además las medidas horizontales excepto las de acompañamiento), a los que se suman 7 Programas de Desarrollo Rural en Zonas de Regiones Fuera de Objetivo 1. En virtud de su régimen fiscal, los Programas de Desarrollo Rural de País Vasco y Navarra incluyen, además, las medidas de acompañamiento y las medidas incluidas en el Programa de Mejora de Estructuras de Fuera de Objetivo nº 1, con la excepción de la Gestión de Recursos Hídricos en Navarra, que sí se encuentra en el programa horizontal.
A la programación anterior se suman los programas LEADER+. En cada Comunidad Autónoma se aplica un programa específico además de un programa nacional en el que se incluyen los cinco Grupos de Acción Local que afectan a más de una Comunidad Autónoma y la Célula de animación y Promoción del Desarrollo Rural.