La costa está formada por numerosos acantilados de origen calcáreo caracterizados por la formación de cuevas submarinas. El litoral combina zonas rocosas con playas de arena fina, algunas de ellas consideradas vírgenes.
Los fondos marinos comprendidos en la reserva son variados y de gran valor ecológico y pesquero. La zona noroccidental de la reserva se caracteriza por la presencia uniforme de una extensa y frondosa pradera de Posidonia oceanica asentada sobre fondo rocoso, sucedida por fondos duros coralígenos y de maërl muy bien estructurados y conservados. La parte nororiental presenta unos fondos más fragmentados alternando fondos blandos con manchas dispersas de pradera de Posidonia oceanica, fondos de arena muy desarrollados frente a las playas, y fondos detríticos costeros y precoralígenos.
Las principales comunidades biológicas se desarrollan alrededor de las praderas de Posidonia oceanica consideradas como zonas de elevada producción biológica y de refugio y alevinaje de numerosas especies de interés pesquero.
Otras comunidades muy representadas en la zona son las de fondos rocosos duros que cuentan con la presencia de mero (Epinephelus marginatus), cabracho (Scorpaena scrofa) y corvallo (Sciaena umbra) como especies ícticas destacadas junto con crustáceos como la langosta roja (Palinurus elephas), la cigarra (Scyllarides latus) y el bogavante (Homarus gammarus).Destaca la presencia de fondos coralígenos representados por variedad de algas rodofíceas calcáreas libres (maërl) del tipo Phymatolithon sp., Lithothamnion sp. y Peyssonnelia sp., hábitat donde se refugia el cuerno marino Charonia rubicunda).También son muy singulares las comunidades cavernícolas del Cabo del Freu, únicas en el archipiélago. Además los fondos blandos albergan especies emblemáticas como la nacra (Pinna nobilis) y el galán o raor (Xyrichthys novacula). Dentro de las aguas de la reserva se reúnen además algunas especies de paso como la lampuga (Coryphaena hippurus) y el calamar (Loligo vulgaris) en la época de verano-otoño, ambas especies muy apreciadas comercialmente.