El área protegida incluye la Laguna de McBean y los Cayos de los Tres Hermanos y Cayo Cangrejo. El Parque es la única área del Sistema de Parques Nacionales Naturales de Colombia en el Caribe insular oceánico del país. Está inmerso en el Área de Manejo Especial del Archipiélago desde 1996, en la Reserva de la Biosfera Seaflower desde el 2000 y en las Áreas Marinas Protegidas del Archipiélago desde el 2004.