La programación de desarrollo rural 2007-2013 se aplica en España de acuerdo a su marco competencial y, por lo tanto, además del correspondiente Plan Estratégico Nacional, exigido en el artículo 11 del Reglamento (CE) 1698/2005 sobre la ayuda al desarrollo rural a través del Fondo Europeo Agrícola de Desarrollo Rural (FEADER), existen diecisiete programas regionales, uno por cada Comunidad Autónoma.
Por otro lado, tal y como contempla el Reglamento (CE) 1698/2005 en su artículo 15.3, y con el fin de incorporar elementos comunes y medidas horizontales para los diecisiete programas de desarrollo rural regionales, el anterior Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación (MAPA), en colaboración con el anterior Ministerio de Medio Ambiente (MMA) y las Comunidades Autónomas (CCAA), elaboró un documento base para la programación, el Marco Nacional, aprobado por Decisión de la Comisión C(2007)5937, de 28 de noviembre de 2007. Cada programa regional incluye las medidas horizontales del Marco Nacional y se complementa con medidas específicas que responden a las diferentes situaciones regionales. El Marco Nacional incluye también los elementos comunes del resto de la programación del desarrollo rural no incluidos en el conjunto de las medidas horizontales, que son de aplicación en cada uno de los Programas de Desarrollo Rural (PDRs) en la medida en que estos contengan las ayudas a las que hacen referencia los citados elementos comunes. Como rasgos generales, en el conjunto de los ejes y programas se fomenta la igualdad de oportunidades entre mujeres y hombres. Los profesionales de la agricultura y las explotaciones prioritarias tienen preferencia en la concesión de las ayudas de desarrollo rural. Además, los PDRs de las CCAA establecen, en su caso, criterios de priorización de carácter ambiental para el acceso a las ayudas. En los casos del País Vasco y Navarra se ha tenido en cuenta su especificidad, derivada de sus regímenes forales. En Canarias, es de aplicación el artículo 70.4 del Reglamento (CE) 1698/2005, que prevé un incremento de hasta un 85% en la contribución del FEADER en el caso de los programas relativos a las regiones ultraperiféricas. De acuerdo con el marco competencial establecido en España, en el periodo 2007-2013 la gestión de las medidas de desarrollo rural corresponde íntegramente a las CCAA. Además de los diecisiete programas regionales de desarrollo rural, se ha elaborado un programa específico para la Red Rural Nacional, gestionado por la anterior Dirección General de Desarrollo Sostenible del Medio Rural del anterior Ministerio de Medio Ambiente y Medio Rural y Marino (MARM) en la actualidad Dirección General de Desarrollo Rural y Política Forestal del Ministerio de Agricultura, Alimentación y Medio Ambiente.