Con la adopción, en el Consejo de Ministros de Agricultura de la UE de 10 de enero de 2009, del paquete legislativo conocido como "Chequeo Médico" de la Política Agrícola Común, se dota a los Estados miembros de posibilidades de financiación de políticas nacionales de interés para el sector agrario, reconocido como sector estratégico, así como para el medio rural que lo sostiene.
Se reconoce así la heterogeneidad agrícola comunitaria y se hace uso del principio de subsidiariedad para que cada Estado miembro actúe en aquellos campos en los que sus especificidades nacionales lo requieran, ya sea para abordar aspectos medioambientales y de bienestar animal o mejorar la calidad y comercialización de productos agrícolas como para evitar los efectos desfavorables del abandono de la producción causado por el desacoplamiento de determinadas ayudas en algunos sectores particularmente sensibles o atender necesidades puntuales temporales de un sector concreto.
El Ministerio aprovecha la flexibilidad prevista por la Comisión y defendida y apoyada por el Consejo para atender sectores claves de todo el sistema agrario, a través de los siguientes programas: